Nach einer umfassenden Instandsetzung des Museums beherbergt es seit 2006 gemäß seiner ursprünglichen Bestimmung wieder die Byzantinische Sammlung, die Skulpturensammlung und das Münzkabinett.
Die Sammlung spätantiker und byzantinischer Kunstwerke ist erstrangig, das Schwergewicht liegt auf der Kunst des Weströmischen und des Byzantinischen Reiches aus der Zeit vom 3. bis zum 15. Jahrhundert.
Weltweit zu den größten Sammlungen gehört die Skulpturensammlung. Es wurde eine umfassende Präsentation der Geschichte der europäischen Skulptur realisiert. Die Teilung Berlins brachte auch eine Trennung der Sammlung mit sich. Nach Jahrzehnten der Teilung ist nun auch die Skulpturensammlung im Bode-Museum wieder zusammengeführt.Das Münzkabinett schließlich gehört mit über einer halben Million Objekten zu den bedeutendsten numismatischen Sammlungen der Welt. Im zweiten Obergeschoss kann man in vier Kabinetten 4.000 Münzen und Medaillen von den Anfängen der Münzprägung bis zu den Euromünzen sehen.
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Nach Voranmeldung können im Studiensaal des Untergeschosses die in der Ausstellung nicht gezeigten Schätze des Münzkabinetts angesehen werden.
In der 2 Ebene befinden sich ein Buchshop und ein Café.
